葡萄糖酸氯己定，主要具有消毒、防腐作用，很多病原菌都对它是敏感的，包括葡萄球菌、变异链球菌、唾液链球菌、白色念珠菌、大肠埃希菌和厌氧菌，再比如厌氧丙酸菌，都对这个药物是高度敏感的。
此药对革兰氏阳性菌和阴性菌都具有一定抗菌作用，它的抗菌消毒作用比苯扎溴铵等消毒剂都要强。其抗菌作用机制主要是吸附于细胞浆膜的渗透屏障，能使细胞内容物漏出而发挥抗菌作用。
低浓度时具有抑制作用，高浓度时则具有杀菌作用。因此，我们说葡萄糖酸氯己定主要具有抗菌、消毒的功效。