延长阴茎的方法通常要根据其病因和具体情况来决定治疗方案，目前内分泌治疗是主要治疗方案，其次是手术治疗的方法。内分泌治疗尚无统一的推荐意见，常用的有睾酮、二氢睾酮、人绒毛膜促性腺激素、黄体生成素、促性腺激素释放激素等等，可以单独或者联合应用。给药途径有口服、肌肉注射、皮内注射、局部应用，以及吸入、喷鼻等等。通常认为在婴幼儿期、青春前期以及青春期给药，均可以获得满意的疗效。
如果在青春期以后或者是成年期发现阴茎短小，治疗方案主要是以手术治疗为主，也就是阴茎延长术。另外，注意确实阴茎短小者考虑手术，因为手术有一定的副作用，通常是在阴茎根部做切口，将阴茎悬韧带切断，这样阴茎可以达到体外部分延长的目的，但是阴茎的稳定性相对也会下降，所以不是非要手术，一般不作为常规治疗方法。