肺心病的药物治疗，包括控制感染、通畅呼吸道和控制心力衰竭的药物：
首先，由于肺心病急性加重期往往是由于感染引起，所以要给予抗生素控制感染。根据痰培养和经验用药，兼顾革兰氏阳性球菌和革兰氏阴性杆菌给予敏感的抗生素治疗。
其次，需要给予通畅呼吸道的药物，包括支气管扩张剂和祛痰药，支气管扩张剂一般选择茶碱类，如多索茶碱或氨茶碱；β2受体激动剂可以选择短效β2受体激动剂沙丁胺醇，也可以选择长效β2受体激动剂沙美特罗、福莫特罗；还有糖皮质激素，如甲泼尼龙、强的松等；抗胆碱药物可以应用吸入异丙托溴胺或噻托溴铵气雾剂。另外，祛痰药物常用的有羧甲司坦、氨溴索、桉柠蒎等。
除此之外，由于肺心病患者合并右心衰竭，此时需要给予利尿药，如呋塞米、螺内酯；正性肌力药物可以给予排泄快、作用快的洋地黄制剂西地兰。如果患者合并左心衰，可以合并应用血管扩张剂，如单硝酸异山梨酯。