肾结石晚上疼得厉害，主要与人体神经分布及神经兴奋性有关，支配输尿管、肾脏神经的主要是迷走神经，迷走神经主要在夜间兴奋性相对较高，迷走神经的作用会导致输尿管扩张，容易引起肾盂、输尿管结石下移，从而诱发疼痛。而输尿管结石诱发疼痛与输尿管结石下移导致急性梗阻有关，肾积水、肾盂内压上升可引起肾脏包膜扩张，从而导致剧烈疼痛，而且部分患者疼痛的同时还会伴随恶心、呕吐、腹胀等胃肠道症状。另外，引起结石的原因是结石刺激输尿管，引起输尿管平滑肌痉挛而导致疼痛。
所以，患者夜间出现疼痛后，需要及时去医院就诊，常可以用解痉的药物，比如注射用间苯三酚、654-2(盐酸消旋山莨菪碱)、黄体酮等解痉止痛。如果疼痛较厉害，可以用强效的止痛药，比如双氯芬酸钠缓释片、盐酸利多卡因注射液，以及地佐辛注射液、杜冷丁等，止痛效果都较好。