幼儿自闭症的治疗方法主要是以教育干预为主，药物治疗为辅。因为自闭症的患儿大多存在多方面的发育障碍，以及情绪、行为异常，所以医生要根据患儿的具体情况，采用教育干预、行为纠正以及药物治疗等综合性个体化的治疗措施。在干预训练方面，要尽早诊断、尽早干预、长期治疗，同时要强调每天都对患儿进行教育干预。
这时医生和患儿的家长要取得充分的共识，在教育干预方面要促进孩子的身体发育，减少一些干扰的因素，促进孩子生活自理能力以及社会适应能力等方面的训练。同时药物治疗方面需要根据孩子伴发的情绪、行为异常，比如有多动症、抽动症的时候，可以针对性的选择相应的药物进行治疗。