治疗幽门螺旋杆菌的药物会引起肠胃不适、肠道菌群失衡、白细胞下降、便秘等副作用。
幽门螺旋杆菌在治疗上是以抗生素药物为主，并且应当两种抗生素同时使用，抗生素在使用时会引起肠胃方面的反应，不少人会出现胃部不适、消化不良等副作用。
由于抗生素在杀灭有害细菌的同时还会将身体中的有益菌同时灭掉，长期使用药物都会伴有肠道菌群失衡导致出现肠道方面的症状，比如腹泻、便秘。
在杀灭幽门螺旋杆菌的同时，应当使用抑酸药物以破坏幽门螺旋杆菌的生活环境，提高治疗效果。抑酸药物在长期使用后会导致白细胞下降，对身体免疫力造成一定的影响，并且出现消化道息肉的可能性也会增加。
幽门螺旋杆菌时会同时结合铋剂药物治疗，铋剂在使用时不仅会导致大便颜色发黑，同时也会影响到肠道功能而出现便秘症状。