乙型肝炎e抗原阳性时，说明患者具有较强的传染性，它往往出现在乙型肝炎早期或者活动期。如果乙型肝炎e抗原阳性，持续时间在十周以上或者持续更长时间，病人可能进展为慢性持续的感染，肝细胞常有较严重的损害，急性的乙型肝炎容易演变成慢性肝炎、肝硬化。
乙型肝炎e抗原阳性的孕妇，有垂直传染性，乙型肝炎e抗原通过感染母亲的胎盘，诱导T细胞对其免疫耐受性，从而避免人体免疫系统对其的清除，使乙型肝炎病毒持续感染。一般情况下，乙型肝炎e抗原埋藏于乙型肝炎核心抗原的内部，当乙型肝炎核心抗原裂解时，乙型肝炎e抗原从肝细胞内融入血清。