化脓性腮腺炎和病毒性腮腺炎可以从以下几个方面鉴别：
一、受累部位，化脓性腮腺炎常为单侧腮腺受累，双侧同时发生非常少见，而病毒性腮腺炎也就是流行性腮腺炎，往往是双侧腮腺同时或者先、后发生。
二、病原菌不同，化脓性腮腺炎是由细菌感染造成的，而病毒性腮腺炎是由病毒感染造成的。
三、病因不同，化脓性腮腺炎往往是由于进行腹部大手术，无法进行口腔自洁或者不能认真刷牙而造成细菌感染，而病毒性腮腺炎往往是接触了有病毒性腮腺炎的儿童而造成。
四、临床表现不同，化脓性腮腺炎往往单侧肿大、疼痛、导管口红肿、流出脓汁，而病毒性腮腺炎腮腺虽然肿大、充血，但是导管口无红肿，唾液分泌清亮。
五、化验室检查，化脓性腮腺炎常常白细胞总数增高，中性粒细胞明显升高，而病毒性腮腺炎往往是淋巴细胞比例增高。