原发性甲减和继发性甲减的区别在于出现的病变部位不同，原发性甲减通常是由于甲状腺的疾病和病变，所导致的甲状腺功能减退症，而继发性甲减通常是由于垂体疾病，如垂体瘤或者垂体手术以后，导致的甲状性激素分泌不足。两者在检测甲状腺功能时通常表现也不一样，原发性甲减通常会表现为T3、T4水平下降，同时伴有TSH水平明显上升。
继发性甲减则表现为T3、T4水平下降，TSH水平也下降，或者正常偏高的水平。针对原发性甲减和继发性甲减，通常在治疗方式也不一样，原发性甲减通常使用左甲状腺素钠进行替代治疗，继发性甲减需要针对垂体性疾病要进行处理。