支原体包括多种，引起感染的部位也有所不同，所以采取的治疗措施有差异。肺炎支原体引起的肺炎，如果是轻中度的肺炎，患者的机体免疫力是正常状态，可以自限，通过休息或者多饮水，有些患者可以不用针对支原体抗感染治疗。如果支原体感染引起的是重度肺炎，需要应用针对支原体感染的药物，红霉素类、四环素类以及喹诺酮类的药物。
对于生殖道支原体、人型支原体或者解脲支原体引起的泌尿生殖道感染，这种一般情况下需要治疗，因为泌尿生殖道的支原体感染一方面可以通过性传播感染，另一方面可以反复复发，所以需要应用上述药物进行治疗，而且治疗的疗程最好要延长，否则有一部分病人停药之后可以出现复发，最好能应用药物2-3周。