更年期肛门疼痛多考虑是更年期肛门神经官能症，导致肛门区出现各种不适、疼痛、里急后重、异物感等，出现这种情况，需针对患者情绪进行调整，可以进行心理咨询或使用安神、镇静药物，也可使用中药进行调理治疗。
肛门区还可以使用缓解症状的药物，如痔疮膏或痔疮栓局部外用，缓解肛门不适及肿胀、疼痛。肛门区使用温水坐浴或理疗按摩，同时注意饮食及排便习惯的调整，避免出现便秘或腹泻症状，同时要注意免疫功能调节，保证充足的睡眠，避免过度劳累和情绪过度激动。