肛门有多长，通常指的就是肛管多长，肛管是消化道的最末端，上面在齿状线与直肠相连，下端最末端就是肛缘，一般来说是3-4厘米，这个称为解剖学的肛管。
有的学者也将肛管上界扩展至齿状线以上1.5厘米，即肛管直肠环平面，称为外科学肛管，但是用的不多。
男性的肛管前面与尿道和前列腺相临，女性的肛管与子宫及阴道相邻，后面是尾骨，周边有内外括约肌围绕。
肛管与直肠之间的齿状线具有非常重要的意义。齿状线上面是直肠上下动脉供应，下面为肛门动脉供应。所以齿状线以上基本形成内痔，齿状线以下形成外痔。
齿状线以上受植物神经支配，没有疼痛的感觉，齿状线以下受脊神经支配，疼痛比较敏感，所以 内痔疼痛不重，外痔疼痛比较重。