免疫系统是一个非常广泛的系统，不像心血管系统，呼吸系统、消化系统有具体的器官摆在那里。
人体的免疫系统大到扁桃体、胸腺、脾脏、阑尾，这些具体的器官可以参与机体的免疫，小到分子和血液系统的白细胞参加的免疫功能，各个脏器系统释放的广泛的细胞因子网络系统，可以参加免疫系统。
当抗原抗体形成以后，还有补体也可以参加免疫系统。所以它是一个从有形的器官到无形的分子，构成了庞大的免疫系统，所以免疫系统的疾病也是非常的广泛的。
具体的器官归属性不是那么强烈的，需要通过一些检测来发现他是否得了免疫系统的疾病。截至目前来说，免疫系统疾病的划分有十大类，100多种疾病，还有一些是免疫缺陷病，这主要是原发性的、先天性的免疫缺陷病。