脑死亡判断的标准包括，病人自主呼吸消失、心跳停止、双侧瞳孔散大并且固定、颅神经反射、脑干反射消失，做脑电图检查时脑电波消失，脑血管造影检查时脑循环停止等，脑死亡指的是全脑死亡，全部的大脑活动都会消失。
脑死亡和植物人不同，主要的区别在于植物人脑干的功能还存在，还可以有脑干反射、自主呼吸和心跳，如果能够通过鼻饲等方法保证营养的摄入、通过气管切开等方法，保持稳定的呼吸还可以生存很长时间。
脑死亡的病人完全没有自主呼吸，各种反射、吞咽、睫毛反射、瞳孔对光反射、压眶反射、角膜反射等都永久且不可逆性的消失。