化橘红药物辛、温而偏燥，有耗气伤津的一些不良作用。因此，对内有湿热的患者要谨慎服用，比如患者有咳嗽、黄脓痰，并伴有小便黄、大便干、口干、咽痛这样的湿热证要谨慎服用。如果患者是阴虚肺燥型的咳嗽，比如有咳嗽，没有痰或者痰少，或者痰中带有少量血丝，并伴有五心烦热、潮热盗汗、两颧发红这样阴虚肺燥不适合服用。
还有一些气虚的患者，比如患者容易感冒、疲倦乏力、大便溏薄等等，脾属于肺脾两虚，一般来说也不适合使用。化橘红有理气宽中、燥湿化痰和消食的作用，对于风寒咳嗽，比如咳嗽、咳白稀痰，并伴有咽痒、鼻塞、流清鼻涕可以应用，还有一些食积的患者也可以用化橘红来进行治疗。