乙型脑炎减毒疫苗的不良反应发生率比较低，一般主要表现为局部的反应和轻度的全身反应，大多数患者在接种完之后没有不良反应，只有极少数儿童注射乙型脑炎减毒活疫苗之后，可以在注射局部出现红肿、疼痛，一般1-2天之内可以自行消退。
也有少数患者可以出现有发热，一般热度比较低，大多在38℃以下，少数患者可以伴有头晕、头痛或者是全身不适等自觉症状，还有有一部分患者可以出现有皮疹、血管性的水肿，严重的甚至可以出现过敏性休克，一般大多发生在注射后10-30分钟，很少有超过24小时的。接种反应多见于反复加强注射的对象，尤其是对于七岁上的儿童加强针的时候，出现不良反应的几率比较高。