结核性结肠炎就是通常所说的肠结核，结核部位于结肠，大多常见于升结肠或者是回盲部，其主要的症状有腹痛，多位于左下腹，或者脐周间歇性发作，常为痉挛性的阵痛，伴有腹鸣，一般在进餐之后会加重，排便或者是肛门排气之后腹痛可以缓解。
还可以出现腹泻和便秘，腹泻是溃疡型肠结核的主要的临床表现之一，一般每日大便2-4次，严重者可达到十余次，粪便呈糊状，不伴有里急后重。有时患者还会出现腹泻、便秘交替出现，还可以出现腹部的肿块，腹部肿块常位于右下腹，一般比较固定，质地中等，常常伴有轻度和中度的压痛。
除了局部的症状之外，还可能会出现全身的症状和肠外结核的表现。全身症状包括有长期的发热、盗汗、消瘦、贫血或者是营养不良等表现，肠外的结核常见于活动性肺结核。对于肠结核晚期，患者还可能会出现肠梗阻的表现。