先天性梅毒的新生儿一般常为早产儿，发育、营养差，消瘦、皮肤松弛、貌似老人、哭声低微或嘶哑、躁动不安。此外，还可以出现皮肤黏膜的损害，一般多在出生之后的三周出现，也可能在出生后就有，在手掌、足底等部位出现各种类型的皮疹，口周和肛门周围也常出现皲裂。
出生后1-2个月可以出现梅毒性鼻炎，主要是鼻黏膜溃疡排出血性的黏稠分泌物，堵塞鼻孔造成呼吸困难，严重者可以出现鼻中隔穿孔、鼻梁塌陷，还可以出现骨梅毒，包括骨软骨炎、骨髓炎、鼓膜炎等，患者肢体疼痛，不能活动，患者还会出现全身淋巴结肿大，肝、脾大，贫血、生长发育不良等。