急性浅表性龟头炎主要由细菌感染引起，因此在用药的选择上面，主要的药物是抗菌药物，总的治疗原则是抗菌消炎、内外兼治。
由于急性浅表性龟头炎的主要致病菌为革兰氏阳性球菌，大概占了80%，而20%为革兰氏阴性杆菌，因此在口服抗生素的选择方面，主要是要选择那些针对革兰氏阳性球菌的抗菌药物，如头孢类的抗生素，头孢类抗生素抗菌谱广、杀菌能力强。其次就是选择外用药物，外用药物也是主要针对细菌感染，通常采用硼酸溶液或者雷夫诺尔溶液清洗局部，来达到内外兼治的效果。