二丁颗粒属于中成药类非处方药，上市后的不良反应报告显示，按照说明书推荐的用法、用量辨证合理使用比较安全，不良反应较少。少数患者服药后会出现胃部不适、恶心、呕吐等不良反应，一般症状较为轻微，停药后症状就可以消失，情况严重者请去医院就诊。
出现胃肠道不良反应的患者或者平时脾胃功能较弱的患者，可以饭后服用，以降低药物不良反应的发生率。极少数患者会出现皮疹、瘙痒等过敏反应，对此药过敏者禁用。二丁颗粒药性寒凉，故不建议长期服用，服药三天症状无缓解，应去医院就诊。如正在服用其他药物，请使用前咨询专业人士。