对于二代头孢和三代头孢的区别，主要体现在肾毒性、抗菌谱、细菌耐药性三个方面。在肾毒性方面，三代头孢比二代头孢的肾毒性更小。在抗菌谱方面，三代头孢比二代头孢的抗菌谱更广。
三代头孢对革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌都有较强的抗菌效果，其中三代头孢中的头孢他啶对铜绿假单胞菌的抗菌疗效是所有头孢类药物中最强的。在耐药性方面，大部分三代头孢对细菌产生的耐药酶稳定，因此细菌对三代头孢更不易产生耐药性。