非淋菌性尿道炎主要是由于普通的细菌或者真菌感染造成的尿道炎症，所服用的药物主要包括两大类：
第一、对症治疗的药物，比如尿频、尿急的患者可以口服α受体阻滞剂或者M受体阻滞剂，如特拉唑嗪、索利那新等。如果是存在尿痛的患者，可以口服布洛芬、双氯芬酸钠、尼美舒利等。如果存在血尿并且血尿的程度比较严重，可以口服血尿安胶囊等。
第二、抗生素，要根据细菌培养、药敏试验的结果选择敏感的抗生素进行处理，常用的抗生素有头孢菌素、喹诺酮类消炎药，如左氧氟沙星、诺氟沙星以及阿奇霉素、罗红霉素等。