口腔溃疡在中医学中被称为口疮或者是口糜，发病是上火造成。中医将口腔溃疡分为虚火和实火两种，一般是用清热解毒和降火的方法进行治疗。中医治疗口疮包括内治和外治，内治以中药内服为主，外治主要是外用药物和针灸，但两者都必须遵循辨证论治的原则。
中医的内治要根据不同类型的口腔溃疡选择不同的药物，按照中医的理论，可以把口腔溃疡分成四诊八纲进行辨证的治疗，比如有脾胃伏火型、心火上炎型、肝郁蕴热型、阴虚火旺型、脾虚湿困型和气血两虚型，分别在中药方剂上有所不同。对于外用药物的治疗，常用的是锡类的散剂，珠黄散和冰硼散这些药物。
中药还可以用含漱的方法治疗口疮，实火患者可选用银花、连翘、薄荷、蒲公英等清热解毒的药物泡水含漱，阴虚患者用生地、知母、黄柏等药物煎煮以后进行含漱。另外还可以用针灸的方法来治疗口疮，通常是在合谷、地仓等穴位进行针灸，来达到治疗作用。