治疗结核的药物主要有异烟肼、利福平、吡嗪酰胺，及乙胺丁醇等。治疗结核需要疗程比较长，对于活动性肺结核，治疗需要至少6-9个月的时间。
肺结核的治疗原则是早期、规律、全程、适量、联合，在治疗过程当中应该实施全程督导化学治疗管理策略，每次用药都必须在医务人员或经培训的家庭督导员直接监督下进行。因故未用药时，必须采用补救措施，以保证按医嘱规律用药。肺结核的主要基础治疗是药物治疗，其目标不仅是杀菌和防止耐药性的产生，还包括最终灭菌，防止和杜绝复发。