脑膜炎的后遗症可以出现意识障碍，包括昏迷状态、意识模糊、去大脑皮质状态和植物状态，主要是应用一些醒脑的药物和改善脑代谢的药物治疗，醒脑的药物有醒脑静和复方麝香，改善脑代谢的药物有奥拉西坦、吡拉西坦、胞磷胆碱钠。
患者也可能会出现精神症状和癫痫发作，主要是对症治疗，如果精神症状严重，必要的情况下可以请精神科会诊。
如果患者有两次以上的癫痫发作，可以应用抗癫痫药物治疗，可以应用丙戊酸钠，该药是一种广谱药物，适用于各种类型癫痫发作的患者。如果发病后一年仍出现症状，一般称为后遗症期，治疗效果相对较差。