丹参酮胶囊属于非处方药，上市后的不良反应报告显示按照说明书推荐的剂量和疗程辨证合理使用比较安全，患者普遍耐受性良好，不良反应较小，偶见患者会出现皮疹、瘙痒等过敏反应，一般停药后就可以恢复正常，对此药过敏者禁用。
极少数患者服药后会出现胃部不适、腹痛、腹泻等胃肠道反应，停药后症状可以消失，如果情况严重请去医院就诊，出现胃肠道不良反应的患者或者平时脾胃功能较弱的患者可以饭后服药，以降低不良反应发生的频率。过量或者长期服用会增加副作用出现的频率和程度，请不要擅自超说明书用药。