目前核磁共振作为临床上最常用的辅助检查之一，可以检查很多的疾病，如肝脏、胆囊、胰腺、脾脏、双肾、双侧肾上腺等，各种肿瘤、囊肿、先天性疾病等都可以进行核磁共振检查。子宫占位、卵巢占位、囊肿等都可以进行核磁共振检查。
甲状腺、前列腺、脑部血管、心脏的大血管、四肢血管也可以进行核磁共振检查。各种骨科疾病也可以进行核磁共振检查，现在妊娠也可以进行胎儿的脑部、发育检查，以及胎盘位置、是否与宫壁粘连等都可以进行核磁共振检查。建议根据自己的病情选择不同部位的检查，一般核磁共振检查需要提前预约。