有一些病因清楚，由确定的病原微生物引起的口腔黏膜病，可以被治好。有一些口腔黏膜病虽然病因不清，但是是自限性的疾病，不用进行治疗，也可以愈合。有一些目前病因不清的口腔黏膜病，往往不能被治好。
有一些口腔黏膜病，是由一些确定的病原微生物造成，比如细菌性的炎症、病毒性的口唇或者口角、口腔黏膜损害，白色念珠菌引起的口腔黏膜病，可以通过药物进行治疗。有一些虽然病因不清，但是是自限性疾病，例如复发性阿弗他溃疡，即使不进行治疗，半个月左右也可以自行愈合。创伤性的溃疡在去除了致病因素以后，也可以自行愈合。有一些口腔黏膜病，比如扁平苔藓、慢性盘状红斑狼疮，目前还不能治愈。