阿法骨化醇软胶囊主要可以用于补充维生素D，阿法骨化醇在肝脏可以迅速转变为维生素D3的活性代谢产物，可以调节体内的钙磷平衡。当肾脏内源性的活性维生素D3产生不足时，就可能导致矿物质代谢紊乱，这种情况比较多见于肾性骨病、甲状旁腺机能低下和维生素D依赖型的佝偻病患者，这些疾病都是需要大剂量维生素D来纠正，但是仅需要少量的阿法骨化醇软胶囊就可以达到一定的治疗效果。
与维生素D相比，阿法骨化醇软胶囊主要的优点在于起效更快、作用可逆，就可以更准确地调节计量，降低用药所引起的高血钙风险。在临床上阿法骨化醇软胶囊主要用于内源性维生素D3产生不足所导致的钙代谢紊乱性疾病，比如肾性骨营养不良、甲状旁腺功能低下，以及其它原因所导致的相关的疾病。除高血钙外，还没有其它明显的不良反应。总之，阿法骨化醇软胶囊主要是用于维生素D缺乏症的患者。