真菌感染是可以使用碘伏来消毒的，尤其是局部皮肤破溃伴有感染的情况，碘伏对真菌也有杀灭和抑制作用，对细菌也有杀灭的作用，所以真菌感染可以采用碘伏。
除了使用碘伏，最主要的是外涂抗真菌感染的药物，相对碘伏有更好的临床疗效，常用的像萘替芬酮康唑乳膏、特比萘芬乳膏、卢立康唑乳膏等，一般局部外用待皮疹完全消退之后需要再巩固治疗一周即可痊愈。除了局部外用药物，严重的患者比如手、脚过度角化型的手足癣，可以口服伊曲康唑或者是特比萘芬提高治愈率。