输尿管梗阻的原因非常多，最常见的原因是输尿管结石，患者往往会出现腰痛、肾绞痛的症状。如果做B超或者CT，可以看到结石以及肾积水，尿里可以出现红细胞。
其它梗阻的原因常见的还有输尿管肿瘤、输尿管的先天狭窄、重复输尿管或者是巨输尿管症、输尿管外部的压迫，例如盆腔的脏器肿瘤、妇科的附件的肿瘤，双侧输尿管阻塞还常见于下尿路梗阻，例如神经源性膀胱、前列腺增生、后腹膜纤维化、盆腔脂肪增多症、腔静脉后输尿管等畸形。