去眼袋手术的副作用，根据手术方式的选择会有明显的区别。
如果是内切口去眼袋，副作用主要是眼袋去除不完全，还有局部凹陷的可能性。如果在手术中引起出血，就会导致血肿的发生。如果是外切口去眼袋的手术，一样会有发生出血、血肿的风险。
由于外切口去眼袋会留下刀口的印记。如果刀口愈合不佳，疤痕的印记相对会比较明显。
而且由于刀口如果离睫毛很近，会影响睫毛的生长，导致睫毛的缺失，同样外切口去眼袋，也可以导致眼袋的残留以及局部眼袋无法完全平整，凹凸不平的现象也是会发生的。