针对慢性乙型肝炎的抗病毒治疗，目前首选药物有两大类，一类是干扰素，另一类是核苷类抗病毒药物，大致如下：
1、干扰素：在抗病毒治疗的优势，主要是具有双项免疫调节作用，在提高血清转换率上，更具有优势。但是的应用干扰素时，也有一定的副反应，主要的副反应是流感样症候群的症状以及骨髓抑制，会出现白细胞、血小板的下降。
2、核苷类抗病毒药物：主要有两种，一种是恩替卡韦，另一种是替诺福韦，其主要的优势是口服给药比较方便、依从性好、抑制乙型肝炎病毒复制的作用比较强，但是需要长期服用。在服用恩替卡韦时，偶有发生耐药的病例，服用替诺福韦进行抗病毒治疗时，几乎无耐药发生，但有一定的肾毒性的副反应，用药期间需要定期检查肾功。