儿童肠系膜淋巴结发炎时大多数由细菌感染所引起，主要口服的药物以头孢类或者青霉素类抗生素为主，同时针对淋巴结炎疼痛的症状给予治疗。头孢类常用的药物有头孢呋辛酯、头孢克肟，或者头孢克洛等；青霉素类常用的消炎药物有阿莫西林颗粒、阿莫西林克拉维酸钾等。
儿童肠系膜淋巴结发炎时大多数都会伴有腹痛的症状，可以口服中药的元胡止痛颗粒。肠系膜淋巴结炎期间除了给予消炎以及对症治疗之外，需要注意儿童的饮食，应以清淡、易消化饮食为主，避免进食辛辣、油腻、刺激的食物，同时一定要注意腹部的保暖。