结膜炎的治疗主要以局部给药为主，根据结膜炎的病因使用有效的滴眼剂和眼药膏，细菌性的结膜炎常使用的有0.3%的妥布霉素、0.3%的氧氟沙星、0.3%的加替沙星、左氧氟沙星滴眼剂或眼药膏。病毒性的结膜炎常使用的有阿昔洛韦眼药水、更昔洛韦眼药水或者凝胶或者眼药膏，沙眼衣原体对四环素还有红霉素最敏感，还有磺胺嘧啶、利福平等眼药水。过敏性的结膜炎，常使用的有色甘酸钠眼药水、依美斯汀眼药水，如果结膜充血和结膜水肿比较严重，可以加用复方妥布霉素眼药水、复方妥布霉素眼药膏等糖皮质激素类眼药。