怀孕期间患有尖锐湿疣，可以在怀孕36周前，应用50%的三氯醋酸治疗。三氯醋酸是一种腐蚀性的收敛剂，通过使血管细胞沉淀，达到治疗目的。因为不被机体吸收，极少产生局部反应，对胎儿无不良影响，每周上药直至痊愈，都需在医生指导下进行。
如果在怀孕期间，皮损生长比较迅速，也可以考虑进行液氮、冷冻治疗，或者是手术治疗，应该充分告知孕妇治疗面临的风险。怀孕期间仅用鬼臼毒素软膏治疗，如果没有特殊原因，也不会因为尖锐湿疣而停止妊娠。妊娠近足月或者已经足月者，为了避免影响胎儿，一般不采用药物治疗。