对于患有巧克力囊肿的女性，具体怀孕的概率有多大需要根据情况而定，具体如下：
1、如果只是一侧卵巢患有巧克力囊肿，怀孕的概率大概是50%左右，因为一侧卵巢患有巧克力囊肿，容易影响患侧卵巢功能，导致卵泡不容易发育成熟排出卵子，但是另一侧为正常的卵巢，卵巢功能正常，也可以正常分泌雌孕激素，促使卵巢卵泡发育成熟，排出卵子。女性两侧卵巢只要有一侧卵巢功能正常，就可以维持正常月经周期，也可以有正常卵泡发育成熟，排出卵子后与精子结合，形成受精卵；
2、如果女性两侧卵巢都患有巧克力囊肿，这种情况怀孕的概率就比较低，应该低于50%。