巧克力囊肿吃的药物要根据患者所处疼痛的不同阶段，来针对性的应用药物，有以下情况：
第一、正在疼痛、痛经的时候，这个时候主要是对症处理痛经就可以，常用的药物有芬必得、布洛芬，或者是一些中成药，比如散结镇痛胶囊、通迪胶囊，或者丹莪妇康煎膏等等，这样可以缓解痛经的症状。
第二、激素类的，常用的有口服的短效避孕药，比如妈富隆、优思明、优思悦。
第三、孕激素类，比方地诺孕素，或者孕激素拮抗剂，比如米非司酮，这个可以通过抑制排卵来缓解痛经的症状。当然还有一类药物，比方说丹那唑这些合成的药物，也可能起到缓解巧克力囊肿痛经的作用。
这些主要是对于轻度的、有生育要求的人，一旦巧克力囊肿发展到比较严重，引起盆腔粘连，很严重的时候可能就需要进行手术治疗。