重度的牙周炎需要进行一系列的治疗，分为四个节段。第一节段即基础治疗，主要是通过洁治、刮治，去除龈上牙石、龈下牙石和病理性的牙骨质，使牙齿表面保持光洁，防止牙菌斑再次附着、钙化而形成牙石。并对患者进行口腔宣教，指导病人回家以后认真刷牙，自我控制菌斑。
还要消除菌斑滞留因素和其它的局部刺激因素，比如充填龋洞，改正不良修复体，治疗食物嵌塞。把一些毫无保留价值的已经严重松动的患牙拔除。在炎症控制以后可以调整咬合，建立平衡的咬合关系。第二阶段是牙周手术阶段，根据不同的情况，采取不同的手术。第三阶段是修复治疗阶段，如果有牙齿缺失，可以进行修复治疗。第四阶段是牙周支持治疗，也就是定期复查、定期治疗。