一般来说，规范的应用四联疗法，治疗14天绝大部分患者可以成功根除幽门螺杆菌。但有一部分患者因为耐药的问题可能第一次根除失败，则需要3-6个月以后再进行补救治疗。
目前根除幽门螺杆菌的治疗是采用四联疗法，也就是应用四种药物同时给予治疗，这四种药物包括质子泵抑制剂、果胶铋和两种抗生素。四联疗法的疗程是10-14天，疗程结束以后停药一个月再复查呼气试验，判断幽门螺杆菌是否得以成功根除。
值得一提的是，即便幽门螺杆菌得到了根除，如果不注意分餐有可能会被他人造成幽门杆菌的再次感染。因此强调饮食卫生，生活中注意分餐，避免人与人之间的相互传染。