新生儿肠狭窄的治疗方法主要是手术治疗，手术治疗主要是切除狭窄段，然后再做肠道的断端吻合，才能从根本上解决问题，新生儿能够进行全肠道内喂养。肠狭窄的发病率远比肠闭锁的发病率要低，一般狭窄程度越重，其症状就越明显。早期新生儿可以就表现为明显的腹胀，尤其是在喂养之后，腹胀会加重，早期可有胎便排出，但是随着新生儿日龄的增加，排便次数以及排便量逐渐减少，同时腹胀明显时，可以看到一些肠型和肠蠕动波，主要是发生低位肠狭窄时可以看到。
在疾病早期，如果单纯从X线来鉴别诊断，不容易和十二指肠重复畸形，或者是环状胰腺、肠旋转不良进行鉴别诊断。目前超声对肠狭窄的诊断准确率相对比较高，但是在手术之前要做好围手术期的监护，术前要注意保持内环境的稳定，通过肠道外给新生儿以足够的营养，同时要保证水和电解质的平衡。在术后可能要禁食一段时间，在禁食期间，也是给新生儿进行肠外喂养，然后逐渐开奶，达到全肠道内的营养。