三个月宝宝消化不良会出现溢奶、口臭、腹胀、腹泻等症状，在出现消化不良时胃内会由于食物不能被及时排空，所以在胃内长时间滞留，时间过长时胃壁会通过收缩、痉挛将胃中的内容物吐出来，所以不少宝宝会出现溢奶。由于胃内的食物与胃酸中和已经发生反应，因此会产生一股酸臭的味道，有部分味道会通过口腔散发出来，部分宝宝会出现口臭的表现。由于肠道系统不能吸收肠道中的营养物质，食物残渣会在肠道中滞留时间长而引起腹胀，由于食物中还有大量没有被消化的食物，因此会对肠道系统造成刺激性，长期消化不良的患者身体上会伴随有腹泻的表现。