结核杆菌抗体阴性存在两种可能，如下：
第一、体内没有结核杆菌的感染，正常情况下就应该表现为结核杆菌抗体阴性，这种情况属于正常现象。如果患者没有发烧，没有结核的感染中毒症状，没有任何结核的临床表现，这种情况结核杆菌阴性属于正常。
第二、属于假阴性，因为结核杆菌抗体的检查试剂盒不稳定，经常会出现假阴性或者假阳性，所以出现结核抗体的阴性，不除外假阴性的可能。如果患者临床表现符合结核，而且其他的实验室检查，比如血常规、血沉、结核杆菌的γ干扰素释放试验，以及痰培养、痰涂片，符合结核杆菌的感染，影像学也支持结核，这种情况可以确定是一种假阴性。