支气管扩张的治疗用药包括对基础疾病的治疗，还有控制感染、改善气流受限、清除气道分泌物，还可以应用免疫调节剂，另外如果有咯血要针对咯血进行治疗。
抗感染的药物应用于支气管扩张，出现痰量增多或脓性成分增多等急性感染征象时，根据痰培养和药敏的结果，可以指导抗生素的应用于无铜绿假单胞菌感染高危因素的病人应立即经验性使用针对流感嗜血杆菌有活性的抗菌药物，如氨苄西林舒巴坦、阿莫西林克拉维酸钾、第二代头孢菌素、第三代头孢菌素、莫西沙星、左氧氟沙星等药物。
对于存在铜绿假单胞菌高危因素的病人可以选用具有抗假单胞菌活性的β-内酰胺类抗生素，如头孢他啶、头孢吡肟、哌拉西林和他唑巴坦，头孢哌酮、舒巴坦、碳青霉烯类、氨基糖苷类、喹诺酮类药物可单独应用或联合应用。
对于慢性咳脓痰的病人还可考虑使用疗程更长的抗生素，改善气流受限通常建议使用长效的支气管舒张剂，包括长效β2受体激动剂和长效抗胆碱的药物，长效β2受体激动剂以沙美特罗、福莫特罗、茚达特罗和维兰特罗为代表。长效的抗胆碱能的药物以噻托溴铵、乌美溴铵和格隆溴铵为代表。另外还可以使用吸入糖皮质激素和长效β2受体激动剂的联合制剂，如布地奈德福莫特罗和氟替卡松、沙美特罗。
清除气道分泌物包括物理排痰和化痰药物，化痰药物包括黏液溶解剂、痰液促排剂和抗氧化剂等。所用药物有乙酰半胱氨酸、盐酸氨溴索、桉柠蒎肠溶软胶囊、免疫调节剂。使用一些促进呼吸道免疫增强的药物，如细菌细胞壁裂解产物，可以减少支气管扩张病人的急性发作。部分支气管扩张病人可以长期使用14环、15环大环内酯类的抗生素。
