很多原因可引起大便不成形，其中主要包括肠道感染性疾病，如细菌性痢疾、感染性腹泻；肠道非感染性疾病，如溃疡性结肠炎、肠道多发性息肉等；消化不良，如进食过多的蛋白、脂肪和富含纤维素类食物；饮食不当，如进食凉、生冷、辣或饮酒等，刺激肠道蠕动加快。一些全身性疾病，如甲状腺功能亢进、糖尿病、风湿免疫性疾病等。消化系统其他疾病，如肝、胆、胰疾病或功能性胃肠疾病，如肠易激综合征。一些药物也可以引起大便不成形，比如电解质溶剂、含硫药物、促胃肠动力剂、抗菌药物、清热解毒药物等，长期服用抑酸剂也可能引起大便不成形。