肛周脓肿在手术后，一般三天左右不会有脓液流出，但可能会有些渗出液，比如淡黄色渗出液等。如果患者肛周脓肿较重或脓腔范围较大、脓腔位置较高，可能三天后依然还会有脓液，建议及时清理脓腔内部的坏死组织，及时用生理盐水、碘伏溶液冲洗等，还需要继续放置纱条，保持通畅引流。
此外，有些患者肛周脓肿比较深，可能还要放置引流管，比如三腔引流管，可以对脓腔进行持续性冲洗，还可以借负压吸引装置，将脓腔内部的坏死组织继续引流到体外，也有利于肛周脓肿病情康复，有利于炎症消散。对于特别深或脓腔特别大的肛周脓肿，单纯通过换药有可能时间比较长，疼痛会比较明显。对于大多数患者，一般在三天左右，局部坏死组织清理干净，炎症控制之后，不会再次有脓液流出来，后期继续对伤口进行换药、引流就可以。