真菌性甲沟炎的治疗要用抗真菌的药物，比如硝酸咪康唑乳膏、酮康唑乳膏、硝酸舍他康唑乳膏或者外用盐酸特比萘芬乳膏。
甲沟炎绝大多数都是细菌感染所导致的，真菌感染出现的比较少，是有一定的基础病，比如足癣或者甲癣，比较重的时累及到了甲周的皮肤，引起了甲沟炎，所以治疗要用抗真菌的药物。
除了治疗甲沟炎之外，一定要治疗原发病，比如甲癣要用抗甲癣的真菌药物，口服抗真菌的药物，像盐酸特比萘芬片或者伊曲康唑胶囊。
如果是足癣，可以外用药膏为主。也可能和真菌的类型有关系，比如念珠菌的感染，有可能会容易发生炎症性的改变。总之，真菌性甲沟炎是真菌感染引起的，要用抗真菌的药物，可以外用药物，也可以选择口服抗真菌药物。