单纯的肝内胆管结石，癌变的几率极低，但如果长期的肝内胆管结石合并反复的炎症发作，如腹痛、寒战、高热、黄疸等症状，还有出现了肝纤维化、胆汁性肝硬化、肝萎缩、肝脓肿、胆管壁明显增厚，这些情况就有可能导致癌变的概率明显上升。
特别是针对肝萎缩，肝萎缩属于肝内胆管癌的癌前病变，这种癌变的概率是比较高的，经过长期的演变有可能会发生癌，但具体的几率与每个人的基因水平、炎症发展程度以及平时的调控都是密切相关的，这个几率并没有办法进行确认。
所以有肝内胆管结石的一定要定期复查、随访，出现相关的癌前病变时，可以考虑及早的给予手术治疗，能够有效预防后期癌变的风险。