儿童手足口病是一个自限性疾病，目前还没有专门针对手足口病病毒特效的抗病毒药物，所以手足口病的治疗一般主要选择的是对症治疗。而针对手足口病病毒这一项，一般目前认为在手足口病发病24-48小时之内，给予干扰素进行雾化或者是局部喷雾，相对来说能够在短期内迅速的抑制住手足口病病毒的发展，具有良好的效果。
此外，如果孩子合并有发热，超过38.5℃可以给予口服布洛芬或者是对乙酰氨基酚，如果体温不超过38.5℃，尽量物理降温。如果孩子进食困难，可以给予口服补液或者是静脉补液。如果孩子出现重症，比如合并有手足口病脑病，需要给予及时静点甘露醇降颅压，或者合并有心功能衰竭，需要及时给予纠正心衰治疗。