别嘌醇用于高尿酸血症和痛风的治疗，别嘌醇最严重的不良反应有可能会引起剥脱性皮炎、中毒性表皮坏死松解症、重症多形红斑型药疹、药物超敏综合征，严重者可导致死亡，建议一旦出现皮疹应立即停用，及时到皮肤科诊治，这是一个最严重的不良反应。
别嘌醇有可能引起白细胞减少或者血小板减少、贫血、骨髓抑制，这种情况下均应该考虑停药，尤其是别嘌醇和硫唑嘌呤合用的时候，骨髓抑制的副作用就更为明显，因此一定要注意两种药是不能合用的。别嘌醇还有可能会出现胃肠道的症状，如腹泻、恶心、呕吐和腹痛等等。